牙发育异常的成因较为复杂，主要可分为遗传因素和环境因素两方面。
遗传因素在牙发育异常中起着重要作用。一些遗传性疾病会导致牙发育出现问题，比如外胚叶发育不全综合征，这是一种具有遗传倾向的疾病，患者除了可能出现毛发稀少、汗腺缺乏等症状外，还常常伴有牙齿数目异常，可能出现先天缺牙的情况。又如遗传性乳光牙本质，它是一种常染色体显性遗传病，患病者的牙齿外观呈现出特殊的乳光色，牙本质结构异常，硬度降低，容易磨损。
环境因素对牙发育也有显著影响。在胎儿期，如果母亲在孕期受到感染，如风疹病毒感染，可能会影响胎儿牙齿的发育，导致牙齿形态异常。营养缺乏也是重要的环境因素之一，例如在牙齿发育期间，缺乏维生素D会影响钙、磷的吸收和利用，使得牙齿矿化不良，牙釉质发育不全。此外，婴幼儿时期如果长期使用某些药物，如四环素类药物，药物会与牙齿中的钙结合，形成四环素钙复合物，导致牙齿变色，即四环素牙。同时，局部的机械损伤也可能导致牙发育异常，比如乳牙外伤可能影响下方恒牙胚的发育，造成恒牙萌出异常或形态异常。总之，牙发育异常是多种因素共同作用的结果。
