非牙源性囊肿是指与牙齿发育无关，而是由胚胎发育过程中残留于各面突融合处的上皮发展而来，或由损伤所致的上皮细胞植入而形成的囊肿，其形成原因主要有以下几方面。

在胚胎发育过程中，人体的面部是由多个面突逐渐融合而成的。当这些面突在融合时，上皮组织可能会残留其中。随着时间推移，这些残留的上皮组织会不断增生、液化，进而形成囊肿。比如鼻腭管囊肿，它起源于鼻腭管内的上皮剩余，鼻腭管是胚胎发育时期的一个结构，在发育完成后本应逐渐退化，但如果其中的上皮组织残留并异常增殖，就会形成鼻腭管囊肿。

此外，外伤也是导致非牙源性囊肿形成的一个重要因素。当身体受到外部损伤时，上皮细胞可能会被植入到组织内部。这些植入的上皮细胞会在局部继续生长，形成上皮团块。随着上皮团块的不断增大，其中心部位会因为缺乏营养供应而发生变性、液化，最终形成囊肿。例如，由于手术、撞击等原因，口腔黏膜或皮肤的上皮细胞可能会被带入深部组织，从而引发囊肿。

另外，先天性发育异常也可能导致非牙源性囊肿的出现。某些患者可能存在先天性的组织发育缺陷，使得局部组织更容易形成囊肿。比如鳃裂囊肿，是由于鳃裂或咽囊的上皮残余所形成，在胚胎发育过程中，鳃裂和咽囊的正常发育出现异常，就可能导致囊肿的产生。而且，内分泌、遗传等因素也可能在一定程度上影响囊肿的形成，虽然具体机制还不完全明确，但这些因素可能会影响上皮细胞的生长和代谢，增加囊肿形成的风险。