釉质发育不全的病因主要分为遗传因素和环境因素两方面。

遗传因素方面，某些基因突变或染色体异常可导致釉质发育不全。一些遗传性疾病，如外胚叶发育不全综合征，这是一种常染色体显性或隐性遗传病，患者除了有牙齿釉质发育不全外，还可能伴有毛发、汗腺等外胚层组织的发育异常。因为基因在釉质发育过程中起着关键的调控作用，当相关基因出现缺陷时，会影响釉质形成细胞的功能和分化，进而导致釉质结构和矿化异常。

环境因素涵盖了多个阶段的影响。在母体妊娠期，母亲在孕期患风疹、毒血症等全身性疾病，或者有严重的营养缺乏，如维生素A、维生素C、维生素D以及钙、磷等矿物质的缺乏，会影响胎儿牙胚的发育。因为胎儿的生长发育依赖于母体提供的营养和内环境的稳定，若母体出现异常，就会干扰釉质基质的形成和矿化过程。

婴儿出生后，1 - 3岁时如果患有高热疾病，如肺炎、麻疹等，会影响成釉细胞的正常功能。严重的消化不良、婴幼儿时期的钙、磷、维生素缺乏等也会影响釉质的发育。此外，某些药物的使用，如四环素类药物，如果在牙齿发育矿化期间服用，可被结合到牙组织内，使牙着色并导致釉质发育不全。

另外，局部因素也可导致釉质发育不全。乳牙根尖周严重感染，可影响继承恒牙牙胚的发育，造成个别牙的釉质发育不全。例如乳磨牙根尖周炎反复发作，可能会影响其下方继承恒牙的釉质形成，导致局部的釉质缺损或矿化不良。