口腔黏膜的结构层次主要分为上皮层和固有层，部分区域还有黏膜下层。

上皮层是口腔黏膜的最外层结构，根据上皮细胞的形态和功能不同，又可细分为不同的层次。在咀嚼黏膜（如牙龈、硬腭），上皮为角化复层扁平上皮，从表层到深层依次为角化层、粒层、棘层和基底层。角化层由多层已经角化的扁平细胞组成，这些细胞没有细胞核，具有保护深层组织的作用。粒层细胞内含有透明角质颗粒，在细胞的角化过程中发挥重要作用。棘层细胞体积较大，细胞间通过桥粒相互连接，使上皮具有一定的弹性和韧性。基底层位于上皮的最深处，是一层矮柱状细胞，具有较强的分裂增殖能力，能够不断产生新的细胞以补充表层脱落的细胞。而在被覆黏膜（如唇、颊、口底等），上皮为非角化复层扁平上皮，缺少角化层和粒层。

固有层位于上皮层的下方，主要由结缔组织构成，含有丰富的胶原纤维、弹性纤维和网状纤维。固有层为上皮提供营养和支持，其中的血管、神经等结构可以为上皮细胞输送氧气和营养物质，同时感受外界的刺激。固有层还含有成纤维细胞、巨噬细胞等细胞成分，参与组织的修复和免疫防御等功能。

黏膜下层并不是所有口腔黏膜都具有的结构，它主要存在于被覆黏膜深面，由疏松结缔组织构成，含有丰富的血管、淋巴管、神经以及脂肪组织、腺体等。黏膜下层的存在使得口腔黏膜具有一定的移动性和弹性，同时其中的腺体可以分泌唾液，润滑口腔黏膜。