口腔生物化学所涉及的物质种类繁多，它们在口腔的生理和病理过程中都发挥着重要作用。

首先是蛋白质类物质。唾液中含有多种蛋白质，如淀粉酶，它能够将淀粉分解为麦芽糖，在食物的初步消化中起到关键作用。溶菌酶则具有抗菌活性，能够破坏细菌的细胞壁，帮助维持口腔内的微生物平衡，预防感染。此外，还有免疫球蛋白，如IgA，它可以特异性地结合病原体，阻止其黏附在口腔黏膜表面，增强口腔的免疫防御能力。

糖类也是口腔生物化学中的重要物质。口腔中的糖类主要来源于食物，如葡萄糖、蔗糖等。这些糖类一方面为口腔内的细菌提供了能量来源，细菌利用糖类进行代谢，产生酸性物质，这可能会导致牙齿脱矿，引发龋齿。另一方面，唾液中的一些糖蛋白具有润滑作用，有助于食物的咀嚼和吞咽，保护口腔黏膜免受损伤。

脂质在口腔中也有一定存在。口腔黏膜表面的脂质层可以防止水分过度散失，保持口腔黏膜的湿润和柔软。同时，一些细菌的细胞膜中也含有脂质成分，它们参与细菌的生长、繁殖和致病过程。

此外，口腔生物化学还涉及到各种矿物质，如钙、磷、氟等。钙和磷是牙齿和骨骼的主要组成成分，它们在维持牙齿的硬度和结构完整性方面起着至关重要的作用。氟可以增强牙齿对酸的抵抗力，预防龋齿的发生。还有一些微量元素，如锌、铁等，虽然含量较少，但对口腔组织的正常代谢和功能维持也有重要意义。

口腔生物化学中的物质相互作用、相互影响，共同维持着口腔的正常生理功能。一旦这些物质的平衡被打破，就可能引发各种口腔疾病。