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由于虫体的机械性损伤和分泌物的刺激作用，可致肠壁粘膜组织出现充血、水肿或出血等慢性炎症反应。少数患者可有细胞增生，肠壁组织明显增厚，以及在炎症基础上形成肉芽肿等病变。鞭虫以组织液和血液为食，重度感染者可致慢性失血。
一般轻度感染多无明显症状，惟在进行常规粪检时，才发现有鞭虫寄生。严重感染者可出现头晕、腹痛、慢性腹泻、消瘦及贫血等。儿童重度感染，可导致直肠脱垂，多见于营养不良或并发肠道致病菌感染的病例。少数患者可出现发热、荨麻疹、嗜酸性粒细胞增多、四肢浮肿等全身反应，以及诱发或加重其他疾病，如阿米巴痢疾、阑尾炎等。
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