肺鼠疫的致病菌为鼠疫杆菌，属肠杆菌科的耶尔森菌属，为革兰阴性小杆菌，无鞭毛，无芽孢，有荚膜，兼性需氧，鼠疫杆
菌含有多种抗原，与致病性和免疫性有关的有F1，T，V，共三种：
。F1 抗原病菌的荚膜抗原，为一种糖蛋白，有高度特异性，已广泛用于血清等诊断。
。T 抗原中的鼠毒素，仅对鼠类有毒性，而细胞壁内的脂多糖内毒素则可引起人体热，播散性血管内凝血，补体激活和组织病变。
。V 和W 抗原由质粒介导，仅存在于毒型菌株，保护病菌能在单核巨噬细胞内繁殖。鼠疫杆菌对外界抵抗力弱，特别对热和干燥敏感，日晒和常用消毒剂均可杀灭，耐寒冷，在脓液，痰和土壤可存活1年以上。
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