T细胞在胸腺中选择方式：
成熟的、有功能的T细胞必须经过在胸腺中阳性选择和阴性选择。主要组织兼容性复合体（MHC）抗原在这两种选择中起着关键的作用。
⒈假如一个双阳性细胞表面能与胸腺皮质上皮细胞表面MHCI类或Ⅱ类分子发生有效结合，就可能被选择而继续发育，否则会发生程序性的细胞死亡（apoptosis）。MHCI类分子选择CD8复合受体（coreceptor），而使同一个双阳性细胞表面CD4复合受体减少；MHCⅡ类分子选择CD4复合受体，而使CD8受体减少。这种选择过程赋于成熟CD8 CD4-T细胞具有识别抗原多肽片段与自身MHcI类分子复合物的能力，CD4 CD8-T细胞具有识别抗原多肽片段与自身MHcⅡ类分子复合物的能力，成为T细胞MHC限制现象的基础。
⒉阴性选择过程（negative selection）经过阳性选择后的T细胞还必须经过一个阴性选择过程，才能成为成熟的、具有识别外来抗原的T细胞。位于皮质与髓质交界处的树突状细胞（dendritic cell，DC）和巨噬细胞表达高水平的MHCI类抗原和Ⅱ类抗原，自身抗原成分与DC或巨噬细胞表面MHCI类或Ⅱ类抗原形成复合物。经过阳性选择后的胸腺细胞如能识别DC或巨噬细胞表面自身抗原与MHC抗原复合物，即发生自身耐受（selftolerance）而停止发育，而不发生结合的胸腺细胞才能继续发育为CD4 CD8-或CD4-CD8 单阳性细胞，离开胸腺迁移到外周血液中去。
机体的某些自身抗原可通过以下几种方式来躲避免疫系统的识别医学教|育网搜集整理，从而在胚胎期和出生后避免应答：⑴以一种免疫学上特免位置隐蔽起来，包括免疫屏障（immunological barrier）和隐蔽抗原（inaccessible antigens）；⑵自身抗原暴露在不表达MHC分子的细胞表面；⑶自身抗原浓度过低，不足于被T细胞所识别；⑷自身抗原与TCR、分子结合的亲合力（avidity）还达不到T细胞有效刺激的水平。
