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尿路感染最常见的病原体是大肠埃希菌，它大约占所有尿路感染病例的70%-95%。其他常见的致病微生物包括克雷伯杆菌、变形杆菌、肠球菌以及一些其他的革兰氏阴性菌和部分革兰氏阳性菌。在特定情况下，如免疫力低下或使用导尿管等特殊条件下，可能会有真菌（如白色念珠菌）引起的感染。不过总体来说，大肠埃希菌是最主要的致病因素。
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