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氨基酸在小肠中的主要吸收方式是主动转运。具体来说，小肠黏膜上皮细胞表面存在多种载体蛋白，它们能够特异性地识别并结合不同的氨基酸。当氨基酸与这些载体蛋白结合后，会通过消耗能量（ATP）的方式被转运到细胞内。此外，还有一种叫做协同运输的过程，在这个过程中，某些特定的氨基酸可以随着钠离子一起进入小肠上皮细胞，这也是一个依赖于能量的过程。
除了主动转运外，当食物中氨基酸浓度较高时，还可以通过被动扩散的方式进行吸收。但这种机制效率较低，不是主要途径。总的来说，主动转运是小肠吸收氨基酸的主要方式。
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