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诊断对青壮年患者有慢性反复发作的右下腹疼痛、腹泻、腹部压痛、肿块等表现，特别在X线胃肠检查发现病变主要在回肠未段与邻近结肠，或同时有其他肠段的节段性病变者可考虑本病。纤维结肠镜检查及活检有非干酪性肉芽肿等病变时可作出诊断。
根据世界卫生组织提出临床病理概念，医|学教育网搜集整理日本消化病学会拟订了本病的诊断标准。
①非连续性或区域性病变；
②病变粘膜呈铺路石样或纵行溃疡；
③全层性炎症病变，伴有肿块或狭窄；
④结节样非干酪性肉芽肿；
⑤裂沟或瘘管；
⑥肛门病变，有难治性溃疡、非典型肛瘘或肛裂。
具有上述①②③者为疑诊，再加上④⑤或⑥之一可以确诊。有①②③中的二项，加上④也可确诊。
