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颈动脉窦综合征的发病机制至今尚不十分清楚。目前主要有两种学说：一种是外周病变学说，认为引起颈动脉窦反射异常的病变部位在颈动脉窦受体周围，因颈动脉硬化、栓塞、颈动脉体瘤、颈动脉体附近的炎症、淋巴结肿大、肿瘤及瘢痕压迫等，引起颈动脉窦感受器感受异常。许多临床研究发现，颈动脉窦综合征患者中，许多人还有治疗过或未经治疗过的颈部肿瘤。近年来Tea等发现，颈动脉窦综合征患者的胸锁乳突肌肌电图异常，也支持外周病变学说。另一种是中枢病变学说，认为引起颈动脉窦综合征的病变部位在自主神经核水平，但确切机制尚待进一步阐明。
