1、先天性乳糖酶缺乏：是指出生时机体乳糖酶活性即低下或缺乏，是机体常染色体上隐形基因所致，这一类型很少见。
2、原发性乳糖酶缺乏：又称成人型乳糖酶缺乏，是由于人类世代饮食习惯导致基因改变，发病率与年龄和种族有关，大部分人属于这种类型。
3、继发性乳糖酶缺乏：是指由于各种原因致使小肠上皮损伤而导致的暂时性乳糖酶活性低下，常见病因如感染性腹泻，机体疾病康复后可恢复正常。
4、对于小儿来说，秋季多发性腹泻、细菌性腹泻会引起肠胃功能的暂时低下，乳糖酶分泌减少或活性降低，持续饮奶会引起继发性乳糖不耐受。
5、大剂量服用头孢类、内酯胺类抗菌素后也会引起继发性乳糖不耐受。
