自身免疫性疾病的发病机制目前仍不十分清楚。一般认为与自身耐受有关。在某些情况下，自身耐受遭到破坏，机体免疫系统针对某些自身组织成分产生了免疫应答，就可能导致自身免疫性疾病的发生，会产生自身抗体或致敏的淋巴细胞。其机制与以下因素有关医`学教育网搜集整理。
一、自身抗原的出现
（一）隐蔽抗原的释放
隐蔽抗原是指某些与免疫系统在解剖位置上隔绝的抗原成分。如精子、眼内容物等。手术、外伤、感染等因素破坏隔绝屏障，隐蔽抗原释放入血流或淋巴液，与免疫系统接触，引发自身免疫应答，导致自身免疫性疾病的发生。
（二）自身抗原成分的改变
物理、化学、生物因素可以使自身抗原抗原性改变，改变的自身抗原可引起自身免疫性疾病。例如：变性IgG刺激机体，产生抗变性IgG抗体（RF），引起RA.
（三）共同抗原的诱导
多种病毒、细菌与正常人体某些组织细胞或细胞外成分有相类似的抗原决定基，针对这些抗原决定基的免疫应答可以引起起自身免疫性疾病。例如：A群β溶血性链球菌与人的心肌间质或肾小球基底膜有共同抗原，所以在链球菌感染后容易发生风湿性心脏病或肾小球肾炎。
二、免疫调节的异常
（一）淋巴细胞旁路活化
识别外来抗原决定簇的Th能被激活，称为Th细胞旁路活化，从而引发自身免疫应答。
