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多肽链的氨基酸组成往往是比较复杂，因此直接分析多肽的氨基酸顺序还是很困难的，多采用将多肽链进一步降解成为更小的片段，然后再行分析。肽键的裂解是一级结构研究工作中的重要问题，它要求裂解点少，选择性强，而且反应产率高，目前主要有化学法和酶解法两类。

1）化学法

（1）溴化氰法 是最理想的化学方法，能选择性断裂甲硫氨酸所在的肽键

溴化氢化学降解法其优点：

①一般蛋白质含甲硫氨酸较少，由此可获得大片段

②专一性强

③产率高达80%以上

④作用条件温和，在室温中用几到十几小时即可。

（2）部分酸水解法

Sanger在分析胰岛素的一级结构中采用了此法，即用0.1N盐酸在110℃或用6N盐酸在37℃水解。这种部分酸水解的方法特异性不强，因此对大片段的蛋白质和肽均不合适。

（3）羟胺法

这种方法近十年来开始受人注意，羟胺能专一性地裂解AsnGly的肽键，酸性条件下裂解Asn-Pro肽键。已用于某些蛋白质的分析。

（4）N-溴代琥珀酰亚胺法

主要裂解Try处的肽键，五十年代研究较多。但由于它也能断裂TyrHis肽键，因此应用不广。

2）酶解法

酶水解法较化学法具有更多的优越性，使用也更广泛。因其具有较高专一性，而且水解产率较高，所以可以选择各种不同专一性的酶进行专一性的断裂。

常用的酶有胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶。

胰蛋白酶专一断裂Lys，Arg的羧基侧肽键，如果对Lys，Arg，CysH进行化学修饰可改变胰蛋白酶的断裂性质。

（1）赖氨酸的修饰。将Lys用顺丁烯二酸酐或甲基顺丁烯二酸杆修饰，则胰蛋白酶仅使Arg肽键断裂。

顺丁烯衍生物在中性pH下稳定，胰蛋白酶水解仅使Arg键断裂。在酸性条件下顺丁烯衍生物可脱去封闭，此时再行胰蛋白酶水解，则得赖氨酸为末端的多肽。下述为蛋白质中的赖氨酸，经顺丁烯酰化作用后，被胰蛋白酶水解的例子。

（2）精氨酸的修饰。精氨酸与1，2-和1，3-二羰化合物作用，缩合产物是一杂环化合物，十分稳定。然后胰酶水解仅断裂赖氨酸残基末端的肽键

（3）半胱氨酸的修饰。若肽链内Lys、Arg均较少，则为了增加胰酶的裂解点，可以将半胱氨酸进行氨乙基化，其产物Sβ氨乙基半胱氨酸有类似Lys的结构，胰蛋白酶在水解时，不能识别这微细的变化，从而在半胱氨酸处断裂。

蛋白水解酶的专一性

酶	米源	主要作用点	其它作用点
胰蛋白酶	胰	Arg，Lys
糜蛋白酶	胰	Tyr，Phe，Trp	Leu，Met，His，Asu，Gln
弹性蛋白酶	胰	Leu，Ile，Ala	其它等
胃蛋白酶	胃粘膜	Tyr，Phe，Trp，Met，Len	Ala，Glu，Asp，其它等
木瓜蛋白酶	Papayplant木瓜植物	Arg，Lys，Gly	其它等
嗜热菌蛋白酶	嗜热解蛋白芽孢杆菌	Leu，Ile，Phe	Val，Tyr
枯草杆菌蛋白酶	枯草杆菌	芳香族及脂肪族残基

肽链的裂解和重组大致有三种情况：一种是非特异性裂解，如酸水解。由于裂解的片段较小，造成分离的困难。因此这种非特异性裂解对大分子肽链是不适用的。第二种是特异性裂解，采用两种以上的专一裂解，然后进行组合，这种方法一般也适用于分子量小于5万的蛋白质。第三种是逐步的专一裂解，首先将某种氨基酸进行化学修饰，使水解酶专一断裂某一种氨基酸，分成若干片段，然后解除化学封闭，再用此酶裂解，使曾被封闭过的氨基酸断裂。目前倾向于采用这种裂解方式。