多杀菌素对有益昆虫的高度选择性，使其在害虫综合治理中成为一个引人注目的农药。研究表明,多杀菌素能在大鼠、狗、猫等动物体内快速吸收和广泛代谢。据报道,在48h内,多杀菌素或其代谢产物的60 %～80 %通过尿或大便排泄出去。多杀菌素在动物的脂肪组织中含量最高,其次是肝、肾、奶和肌肉组织。动物体内多杀菌素的残留量主要通过N2脱甲基化作用、O2脱甲基化作用和羟基化作用来代谢。表2列出了杀菌素与其他农药对脊椎动物选择毒性比，确实是一类生物相容性好的杀虫剂。此外，以前曾经认为多杀菌素对蜜蜂具有剧毒作用，但最近的野外试验证明，在实际使用条件下多杀菌素对蜜蜂的影响很小。哺乳动物慢性毒性实验证明，多杀菌素无致癌、致突变、致畸或神经毒性。
