一、由于亚急性甲状腺炎发病早期常伴有感冒等上呼吸道感染的症状，继而出现发热、颈前疼痛、咽痛、吞咽加重等，因此易被误诊为上感或咽炎，进而给予抗菌素治疗导致延误病情。因此对发热有颈咽部疼痛患者要考虑亚甲炎的可能性，进行甲状腺相关检查。 二、由于亚急性甲状腺炎发病过程中因甲状腺组织被破坏，甲状腺激素大量释放入血致T3、T4升高，从而出现心慌、怕热等甲亢症状，因此容易被误诊为甲亢而予大量抗甲状腺药物、甚至手术造成误治。
三、亚急性甲状腺炎发作时T3、T4会有升高的现象，而甲状腺吸碘率反而降低出现二者分离现象，可与甲亢相鉴别。另外从起病急缓、病程长短、有无伴发突眼等也可做出鉴别。
四、一般亚急性甲状腺炎起病较急，且伴有发热的现象。初期还会伴有心慌、怕热、多汗等甲亢的表现，若病情严重的话，少数病人后期会出现甲减的症状，因此易被误诊。
