虫草的储藏要点是防潮、防蛀和防虫。如果量很少，而且储藏时间也很短的话只需要放在阴凉干燥的地方就行了。或将其与花椒或丹皮放在密闭的玻璃中，置冰箱中冷藏，随用随取。如果量大或者需要放置较长时间最好放虫草的地方放一些硅胶之类的干燥剂，因为，刚买来的虫草都有些潮而且久置容易发霉、生虫。
虫草受潮后要化苗，即虫体成空过壳，捏后变扁，但虫草质量降低。若用白酒喷撒虫草(每千克用250ml酒)，喷后再喷水，用硫磺熏，可保几个月不化苗。发现虫草受潮后，应立即曝晒。若生虫，可用硫磺熏之，或用炭火微微烘焙，事后筛去害虫虫体与蛀屑。虫草保存不宜过久，过久则药效降低。
80年代以来，我国各地逐步应用了除氧保鲜技术，并应用于冬虫夏草的保管。研究表明，采用除氧保鲜养护的虫草，在长达2年的贮藏期内，品质完好，无虫蛀、无损耗。与氯化苦熏蒸法相比，有很多优点，不但虫草粗蛋白质总含量较后者为高，而且无毒、无害，杀虫灭菌迅速彻底，不影响虫草的有效成分和商品质量，还方便贮藏与检查，安全性强。
