从现代药理上来说，清气化痰丸具有镇咳、祛痰、平喘的作用，因其主要成分杏仁、半夏具有较强的镇咳作用；陈皮、胆南星、半夏均具有祛痰作用；陈皮可对抗组胺所致支气管痉挛而有平喘作用，杏仁亦可平喘。
其次，还具有免疫调节的作用，因其茯苓和黄芩可促进机体的免疫机能，黄芩亦可抑制变态反应的发生。除此之外，还具有抑菌的作用，因其黄芩、陈皮、茯苓、半夏对多种菌有抑制作用；枳实且有抗结核杆菌，半夏有抗真菌的作用。
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