金丝桃草的活性成分金丝桃素（Hypericin）会与单胺酶抑制剂（MAOI）、抗凝血剂、进行手术时的麻醉药物等产生交互作用，因此，有服用这类药物或是即将进行手术前，应禁止服用金丝桃草萃取物。 在服用金丝桃草萃取物后，应避免长时间暴晒在强烈的日光底下，因为金丝桃草萃取物的有效成分，会因皮肤长时间接触强烈的紫外线而产生具神经系统刺激性物质，对于某些体质特殊者可能导致皮肤刺痛、眼睛对强光的耐受度降低，不过，光害副作用往往发生在服用剂量高出建议剂量数倍以上，或每日服用量超过1800毫克的0.3%标准萃取物时，平时服用金丝桃草萃取物者应尽量避免日光浴或长时间日照，出门最好能够佩戴太阳眼镜，如果是轻度忧郁症患者可以选择下午或晚餐后与睡前之间服用1次，如此皆可避免光害副作用。
金丝桃草不得使用于合并有躁狂症的忧郁症患者，合并忧郁与躁狂患者一定需要精神药物的正规治疗，才能成功的控制病情。
