三头水蜈蚣多年生草本，高8～30厘米。
根茎短。
茎丛生，细弱，扁三棱形，基部呈鳞茎状膨大，外被棕色，疏散的叶鞘。
叶狭线形，长为茎的一半或等长，宽2～3毫米，边缘具疏刺。
穗状花序极稠密，长圆形，淡白色，3个聚生，少数为1或4～5个；居中者宽圆卵形，较大，长5～6毫米，侧生者球形，直径3～4毫米；叶状苞片2～3，长于花序；小穗长圆形，长2～2.5毫米，具花1朵；鳞片膜质，淡绿黄色，具红褐色树脂状斑点，背面具龙骨突起，脉7条；雄蕊1～3个；花柱短，柱头2，长于花柱。
小坚果长圆形，稍扁平，长约为鳞片的2／3～3／4，淡棕黄色，具微突起的细点。
抽穗期夏秋季。
生于旷野潮湿处。
分布广东、广西。
