吡哌酸的毒性较低，副作用较少，很少有因副作用严重而停药者。但如用药量增大，则副作用的发生率也
相应增加。
1、较多见的为胃肠道反应，发生率为5—7%，表现为恶心、嗳气、上腹不适、食欲减退、稀便或便秘等。
2、较少见的为皮疹或全身瘙痒。
3、偶可出现眩晕、头痛、丙氨酸氨基转移酶一过性增高等，以上反应均属轻微，停药后迅速消失。文献中曾有中毒性表皮坏死溶解症(Lyell综合征）的个别病例报道。
4、可引起胃肠道反应：恶心，呕吐，食欲不振，腹胀，腹泻、可有头痛，头晕，嗜睡，口炎等、引起过敏反应，皮疹，瘙痒，药热，面浮肿，白细胞减少、严重者偶有过敏性休克、该品的毒性较低、不良反应较少，但如应用剂量增大，则不良反应出现率也相应增加。
5、较多见的反应为胃肠道不适（5%～7%），可表现为恶心、嗳气、上腹不适、食欲减退、便秘或稀便等。有时可导致氨基转移酶、肌酐、BUN等值上升，也可引起头痛、头晕、倦怠、口渴、口炎等反应。也有过敏反应发生，如皮疹、瘙痒、发热、颜面浮肿，以及白细胞减少等症状。
