反枝苋是一种典型的危害杂草，它容易影响其他生物的生长、繁殖。“清除反枝苋必须加大人工的力度，当然也可以通过化学除草消灭。和很多杂草一样，反枝苋最大危害就是需要花费巨大的人力、物力去清除。”
反枝苋是农田、果园、路旁和荒地的常见杂草，常污染作物种子，如果不加以有效防治，玉米、大豆、春小麦、油菜和蔬菜等产量将明显受损。影响收获，由于反枝苋的侵害，甜菜的产量减少了49%，大豆的产量减少了22%。
苋属植物在不同的生长时期和环境条件下，都具有积累硝酸盐的能力。反枝苋积累的硝酸盐量足以将家畜致死，其茎和枝是贮存硝酸盐的主要组织。随着反枝苋的生长，硝酸盐的吸收率不断增加，在开花前达到最大，叶子中硝酸盐的含量可达30%。在反枝苋和玉米的竞争研究中发现，反枝苋贮存的氮主要是硝态氮，硝态氮可能会增强反枝苋的竞争力。
反枝苋在西红柿地中是列当的寄主，桃园和苹果园中是桃蚜的寄主，辣椒地中是黄瓜花叶病毒的寄主，马铃薯地中其严重感染马铃薯早疫病。同时反枝苋也是小地老虎、美国盲草牧蝽、欧洲玉米螟的田间寄主。
有报道指出反枝苋能够引起人类皮肤过敏。
