由于三尖杉的分布范围较广，因此生境较为复杂。分布区东部、中部的气候为典型的亚热带湿润季风气候，气候温暖湿润，而分布区西部的威宁，盘县一带，气候为半湿润的高原气候，干湿季节交替较为明显，气温的日变化及年变化较大，热量条件较差。这也反映出三尖杉对气候条件具有较强的适应性。生境中土壤多系由砂页岩、玄武岩、板岩、变质岩等碎屑岩发育的山地黄壤，黄棕壤，部分海拔较低处也有黄红壤分布，土壤质地较粗，常含坡积石砾，土表的枯枝落叶凋落物较为丰富，pH值多在6—5.5以下。在部分坡度较陡地段，水土流失较为严重，使三尖杉生长在土层瘠薄的生境中。三尖杉多分布于亚热带常绿阔叶林中，因此三尖杉能适应林下光照强度较差的环境条件，并能正常生长和更新。与三尖杉伴生的树种主要有钩栲、丝栗栲、青榨槭、大果蜡瓣花，水青冈、多花泡花树、锦香草等。
