嚏根草病虫害很少，常见的病虫害如下：

可经常看到蚜虫在花和叶片的背面，蚜虫的种类有许多，许多化学药剂都可以防治蚜虫，推荐生物防治。研究发现在植物附近种植万寿菊和金盏菊可以吸引蚜虫从而降低其它植物上蚜虫的数量。还可用手指将蚜虫除去，用清水或掺了肥皂水和杀虫剂的溶液喷施等方法防治蚜虫。洗涤剂稀释成溶液每周喷施一次。

蛞蝓喜欢为害植物的新芽，有时也为害花，受害植物叶片的伤口是不规则的孔洞；蛞蝓喜欢在种植床下面或为害部位附近阴暗、潮湿的地方生存。它们具有夜间活动的特性，采用喷施或在湿润土壤中下诱饵的方法可以有效控制蜗牛和蛞蝓的为害，有可多次施用药剂。良好的消毒、清洁和将外来的植物、植物残体及时移出种植区域也可在一定程度上控制蛞蝓。国外普遍使用的安全无毒害的方法是把啤酒或香瓜的皮放在容器里，放在这些害虫经常出入的地方，另一个办法是在植物附近埋上低压电系统，也可以把敲碎的鸡蛋壳放在这些植物的边缘。

黑斑病是嚏根草常见的病害。控制黑斑病的关键有两点，一是当受感染的叶片落在地面上时，将所有的叶片（不管是否被病菌感染）进行销毁，这样可以减少在土壤中越冬的病菌的孢子数量；二是春季孢子开始传播时，有计划地喷施杀菌剂，每两周喷施一次，即使没有发病症状也要在春季进行药剂喷施。也可种植抗病品种来预防黑斑病。

病毒病嚏根草一般不会感染病毒病，感染后的症状是叶片或花卷曲变形，植株长势变弱，容易感染其它病害。惟一的防治办法就是将受感染的叶片全部烧掉。嚏根草近年来新生的一种病毒病为“黑死病”，它可以导致叶片发黑，只限于叶脉发病，它的防治与上述病毒病处理方法相似。