心理疾病虽然属于心理范畴，但所有的心理活动，都是建立在大脑的生理活动之上，因此心理疾病有明显的神经生理基础。

目前常规理论认为神经症的病因是由于大脑内神经递质的失调（5—羟色胺和去甲肾上腺素），也有人说神经递质失调仅是神经症带来的结果，而不是导致神经症的原因。因为神经递质就如汗液，紧张焦虑会导致出汗，同理也会导致神经递质失调，出汗和神经递质失调都是紧张焦虑的后果，而不是导致紧张焦虑的原因。

2007年，在国际权威科学杂志《自然》发表了中科院上海生科院神经科学研究所客座研究员、美国杜克大学教授冯国平研究成果，他的研究小组在做动物实验时发现，敲除了Sapap3基因，从而阻断大脑“皮质－纹状体－丘脑－皮质”神经传导回路的小鼠，居然出现了类似人类强迫症的行为——小鼠处于焦虑恐惧状态，反复抓自己的脸（小鼠通过抓摸来“洗脸”），直到毛皮破损，甚至流血，还无法停止，同时还会焦躁不安，当神经传导回路重新连通，小鼠马上就停止了抓脸，焦虑症状也减轻了，这揭示了神经回路传导不畅是焦虑症、恐惧症的神经生理病因，而在清华大学出版社最新出版的《心灵杀毒2.0——弗洛伊德的拼图》一书中，通过治好重度抑郁症、焦虑症，彻底摆脱药物依赖的研究，证实了“心灵呼吸”现象的存在，扩展了神经回路学说的应用，为解决神经症彻底治愈的世纪性难题提供最新的方法。