1. 本品适用于脾胃虚寒，阳气不足引起的脘腹冷痛、呕吐腹泻、腹胀肠鸣、不欲饮食、手足发凉等症及脾肾两虚，寒凝不化所致之精神倦怠，形寒肢冷，不思饮食，脘腹冷痛，大便溏泄，带下清稀等症。
2. 胃、十二指肠溃疡：用附子理中汤合黄芪建中汤治疗胃、十二指肠溃疡取得较好的疗效。
3. 腹泻：有报导分别用附子理中丸（汤）治疗不同原因引起的腹泻，取得满意疗效。用人参健脾丸合用附子理中丸治疗慢性腹泻，用参苓白术散合用附子理中丸治疗慢性腹泻均可获得一定疗效。
4. 其他：附子理中丸还可用于治疗低血压、窦性心动过缓、过敏性紫癜，复发性口腔溃疡等。
