毛壳麝香用油纸或塑料袋包装。置于铁盒或瓷坛内密封；麝香仁一般置磨口玻璃瓶内密封盛放。两者均置于干燥、通风、避光处贮藏。切忌与薄荷、冰片等芳香类药物混放或相邻存放，以防串味。贮存温度应低于15℃，相对湿度70%左右，商品安全水分25%医学教`育网搜集整理。
本品易挥发、霉变。毛壳麝香囊皮无弹力或囊内软绵不实，表明商品已潮湿；用探针取样嗅闻有霉腐味的，应切开囊壳检查处理。麝香仁霉变初期出现白点，严重时结块发热质变。如果贮存环境过于干燥，挥发油及水分易散失，使商品失润、干硬，减重损失。
储存期间，应定期检查，加强养护，专人管理。有条件的地方可将商品经－10℃以下的低温处理10-15天后贮藏。
