山萆薢根茎主含薯蓣皂甙，尚含纤细薯蓣甙、薯蓣皂素毒甙A（以上皂甙的甙元都是薯蓣皂甙元），山萆薢皂甙、约诺皂甙、托克皂甙元-1-葡萄糖甙等皂甙。薯蓣皂素毒甙是山萆薢中的杀虫成分。从根茎中分离得到的甙元有：薯蓣皂甙元，含量1.2%(江苏产）、2.1%（浙江产）、1.35%(江苏宜兴产）；托克皂甙元，含量0.06%（江苏产）、0.09%（浙江产）、0.32%（江苏宜兴产）；雅姆皂甙元，含量0.04%（扛苏产）、0.10%（浙江产）；约诺皂甙元；考盖皂甙元和

萆薢衣盖皂甙元。另还分离出少量25-异-螺甾-3，5-二烯，可能是水解时薯蓣皂甙元的脱水产物。地上部分分离出约诺皂甙元、托克皂甙元、考盖皂甙元。地上部分除种子外，各部都含相当量的游离的约诺皂甙元和托克皂甙元。地下部分有痕迹的游离的薯蓣皂甙元，其他都成皂甙。种子中含托克皂甙元，其甙元几乎全成为皂甙存在。雌花中分离出薯蓣皂甙元、约诺皂甙元、托克皂甙元和衣盖皂甙元。雄花中分离得到薯蓣皂甙元、约诺皂甙元、托克皂甙元和考盖皂甙元。纤细薯蓣根茎含纤细薯蓣甙和薯蓣皂甙。浙江产的根茎含薯蓣皂甙元1.03%。叉蕊薯蓣根茎含薯蓣皂甙元和少量雅姆皂甙元。昆明西山产的根茎含薯蓣皂甙元2.2%、淀粉20.59%、粗蛋白质14.35%、鞣质1.3%，粗纤维素11.6%。薯蓣皂甙元可作为合成皮质酮的原料。