神农不是医药学家，自然也不会是《神农本草经》的真实作者，这一点在中医学界基本得到承认。但是翻开历史，发现有太多的医家都以为《神农本草经》的作者是神农。

“神农说”最有力的鼓吹者是陶弘景。《集注·序录》云：“旧说皆称神农《本经》，余以为信然。”其后的颜之推，孔志约等也是这样认为的。《颜氏家训》云：“典籍错乱，非止于此，譬犹本草，神农所述，而有豫章、朱崖、赵国、常山、奉高、真定、临淄、冯诩等郡县名，出诸药物。”孔志约序《新修本草》云：“以为《本草经》者，神农之所作，不刊之书也。”即使到了清代，考据大家赵翼仍迷信陶说，以《本草经》为神农之作，《曝杂记》云：“三皇之书，伏羲有《易》，神农有《本草）），黄帝有《素问》。《易》以卜笠存，《本草》《素问》以方伎存。”由此可见，在缺乏严谨治学精神和质疑精神的情况下，一个谎言能流传上千年。但也有严谨的学者能够独立思考，对此说提出质疑。梁朝阮孝绪撰《七录》始记有《神农本草经》这本书，计有三卷。是书云：“世谓神农尝药。黄帝以前，文字不传，以识相付，至桐雷乃载篇册。然所载郡县多汉时，疑张仲景、华陀窜记其语。”

宋代王应麟也对神农著书说提出质疑，其在《困学纪闻》云：“今详神农作本草，非也。三五之世，朴略之风，史氏不繁，纪录无见，斯实后世医工知草木之性，托名炎帝耳。”宋代叶梦得《书传》云：“《神农本草》但三卷，所载甚略，初议者与其记出产郡名，以为东汉人所作。”清代姚恒《古今伪书考》云：“汉志无本草，按《汉书·平帝纪》，诏天下举知方术本草者。书中有后汉郡县地名，以为东汉人作也。”陈叔方在其所著《颖川语录》中写到《神农本草经》当中使用的某些药名有故意做雅的痕迹。比如，把“黄精”写成“黄独”，“山芋”写成“玉延”，“莲”写成“藕实”，“荷”写成“水芝”，“芋”写成“土芝”，“螃蟹”写成“拥剑”。这种华而不实的故意做雅，是东汉学风的典型表现。早在西汉《淮南子·修务训》中就有：“世俗之人，多尊古而贱今，故为道者，必托于神农、黄帝，而后始入说。”一语道破当时的风气。

那《神农本草经》的作者是谁呢，通观全书，可以得出此书和《内经》一样并非出于一时一人之手，经历了较长时间的补充和完善。最后的成书时间不会早于东汉。