慢性菌痢应同下列疾病相鉴别：
（一）慢性阿米巴痢疾其鉴别要点与急性期大致相同。
（二）慢性非特异性溃疡性结肠炎此病患者一般状况较差，症状迁延不愈，抗生素治疗无效。粪便培养多次均无致病菌。肠粘膜出血点、质脆，接触易出血。钡灌肠或全消化道钡透检查，肠粘膜皱纹消失，晚期结肠袋消失，结肠变短，管腔狭窄为其特征。
（三）肠结核多继发于肺结核，痰抗酸染色或24小时痰浓集法可查见结核杆菌，肠道病变多在回盲部，医学|教育网搜集整理故右下腹压痛或扪及肿块，钡剂灌肠X线检查有助于诊断。
（四）直肠癌、结肠癌多见于中老年人，并发局部感染时酷似菌痢，需依据肛门直肠指诊、肠镜及肠粘膜活检等手段确诊。
（五）肠道菌群失调由于滥用抗药物或者广谱抗药物使用时间较长，易引起菌群失调。主要为肠道杆菌减少或消失，代之金葡萄、真菌（主要为白色念珠菌）及某些革兰阴性菌或厌氧菌感染，表现炎腹泻不愈，大便性状可因病原不同而异，以乳幼儿、年老体弱者多见。
