流式细胞仪测定的标本，不论是外周血细胞、培养细胞或组织来源细胞，首先要保证是单细胞悬液，对不同来源的细胞制备成单细胞悬液有不同的处理程序。
（一）外周血淋巴细胞样品的制备
血和骨髓：天然单细胞悬液。当有血凝块时，应用50μm尼龙网过滤，同时进行细胞计数和血涂片以判断靶细胞群体是否仍然存在。一般采取密度梯度离心法医学教.育网搜集整理。
（二）培养细胞的样品制备
贴壁生长的单层细胞需要用蛋白酶消化后用机械法分离。
（三）新鲜实体组织单细胞悬液的制备
一般采取机械法、酶处理法、化学试剂处理法和表面活性剂处理法等方法。分离不仅是要获得最大产量的单细胞悬液，还要尽量保证细胞结构的完整性和抗原性。大多数淋巴样组织可用轻柔的机械方法快速分离，并保持收获细胞的相对完整。某些组织由于细胞间连接紧密，需在机械分离的基础上用蛋白水解酶如胰蛋白酶、胃蛋白酶。骨髓标本亦可能因骨细胞成分污染而需要酶消化。但使用酶法一定要确认酶的使用没有改变、减弱靶抗原的表达，细胞活性没有显著降低医学教.育网搜集整理。
（四）单细胞悬液的保存
常用的处理方法有三种：
1.深低温保存法。
2.乙醇或甲醇保存法。
3.甲醛或多聚甲醛固定法。
