是将荧光标记的抗体与细胞悬液混合后装入样品管内，经荧光染色后通过高速流动系统使细胞排成单行，一个个地流经检测区进行测定。当细胞从流动室喷嘴处流出时，经超声系统振荡搅动液流，使液流断裂成一连串均匀小滴，每小滴最多含一个细胞，在激光束照射下产生荧光和散射光，经光电倍增管接收，转换成脉冲信号，经电脑处理分辨细胞类型。借助光电效应，当小滴通过电场时可出现不同偏向，即可收集到所需类型的细胞。该仪器能以5000个细胞/秒的速度高效分离细胞。FACS是集多项功能于一体的细胞分析仪器，除计数细胞外，还可通过荧光染色检测细胞表面标记、细胞增殖周期、区分细胞活性、分选细胞等。
