细菌分类系统有多种，为了便于文献资料的相互比较、分析和交流，目前国际上普遍采用伯杰分类系统。也有采用CDC（美国疾病预防和控制中心）分类系统。包括有细菌的鉴定以及细菌分类资料。目前以细菌细胞壁的结构特点作最高一级分类依据，将原核生物界分为4个菌门；薄壁菌门、坚壁菌门、软壁菌门和疵壁菌门医|学教育网搜集整理。
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