水环境包括江、河、湖泊等淡水环境以及海洋等咸水环境。水中溶解或悬浮着多种无机或有机物质，可供给微生物生长繁殖所需要的营养。因此，水环境是微生物除突然外栖息的第二天然场所医学教`育网搜集整理。
城市的生活污水以及工业废水，有机物含量高，种类复杂，其中的微生物多数为腐生型细菌和原生动物，能够在天然水体的自净和污水处理中发挥作用。海水中的微生物多为嗜盐菌，有些细菌能发光，对一些化学药剂与毒物敏感，可用于环境污染物的监测。
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