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尿结石主要由无机盐和有机盐以及酸组成，大部分为晶体状态；如草酸盐，磷酸盐，尿酸盐，胱氨酸等；其次有2.5%的基质，主要来源于尿中的粘蛋白，以及少量的葡萄医学教育网搜集|整理糖氨基聚糖。据某医院送检的一组结石成分大致为草酸钙52.6%，磷酸钙20.1%，尿酸盐13.5%，磷酸镁铵9.2%，碳酸盐4.6%.一般的尿石大致分解为：核心-愈近结石核心，磷灰石含量愈高，其中尿酸盐结石的核心，又可分成颗粒型和微晶型；外围或外层——尿石的结晶多为混合型，以一种成分为主，形成该结石的结构特征。如二水草酸钙，结石的表面多芝刺，一水草酸钙，多光滑的小球体，磷灰石较松散呈云层状，易剥脱，磷酸镁铵无一定的形态，堆积紊乱，有成层排列的趋势。尿酸盐可与一水草酸盐钙相互交替构成“年轮”状同心排列。
