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进行解剖和取样。解剖前观察并记录外观状态，如新鲜程度、皮肤粘膜、淋巴结、尸僵程度和自然孔有无血性渗出物等。剖开后应观察皮下有无出血，胶样水肿，淋巴结、肝、脾是否大和有无其他病变，肺部有无充血，肝样实变、化脓和结节性病灶等。如需要采血则需进行心脏穿刺。采脑组织样本时，如不开颅，可用穿刺长针由鼻孔插入，一直刺到脑干和间脑部位吸出脑组织少许。剖检森林脑炎尸体时，可采取丘脑和小脑部分，其他型别脑炎可采海马回部位的脑组织块。
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