消化系统疾病及功能紊乱患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致口腔溃疡。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。
内分泌变化有些女性患者往往在月经期发生，常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。
精神因素有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
遗传因素如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
中医病因机制按照中医的理论体系，口腔溃疡有以下几种病因：一是外感六淫。二是饮食不节。三是情志过极。四是素体阴亏。五是劳倦内伤。六是先天察赋不足，或久用寒凉，伤及脾肾，久致口舌生疮。
局部营养输送障碍引起口腔溃疡与炎症有关，但绝不仅是上火引起的。如缺乏微量元素锌、铁、维生素B12等，可降低免疫功能，某种会导致溃疡的病毒潜伏在口腔粘膜中，粘膜却因为局部营养缺乏导致对其失去抵抗力，溃疡由此产生。
