各有关单位：

　　近年来，微生物学作为新兴学科迅速蓬勃发展，广泛应用于生命科学各个领域，已成为21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。为进一步推动我国微生物学的发展，提高从业人员的技术水平，更好地与微生物研究领域的专家学者们分享、交流在微生物研究领域中的心得、经验。“智能信息处理技术”为人力资源与社会保障部中国科学院北京分院国家级专业技术人员继续教育基地培训点培训项目，“生物信息”为智能信息处理技术系列培训项目之一。应广大行业工作者的要求，北京海淀中科计算技术转移中心（中科院计算所技术转移中心）举办“生物信息最新技术——微生物专题培训班，由北京嘉诚永恒科技有限公司具体承办。培训班采用理论和演示相结合的教学形式，使学员在短时间内对微生物研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高，同时学员与授课专家进行现场交流与咨询，探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路，共同探讨和挖掘微生物资源的科学研究价值和应用前景。具体事宜通知如下：

　　一、培训目标及特点：

　　培训立足于最新技术和工具，强调融会贯通，强调综合应用。采用“互动式教学，讨论式授课，案例式学习” 的教学模式。培训邀请的主讲老师均是有理论和实际研究经验的专家。学员通过与专家直接交流，能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路，在研究技术方面领悟更多。

　　二、培训对象：

　　大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员；科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员；生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。

　　三、时间地点：

　　2016年12月8日——12月12日   广州

　　（时间安排：第1天报到，授课4天）

　　四、培训内容

　　一、高通量时代的宏基因组学研究

　　1.应用于宏基因组学研究的 NGS 平台

　　1.1Roche/454 GS FLX Titanium

　　1.2HiSeq 2000

　　1.3PacBio RSII

　　2. 实验流程

　　2.1实验设计

　　2.1.1 Amplicon-based： 细菌 16S rRNA，古菌 16S rRNA，真菌 ITS， 真菌 18S

　　2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome

　　2.2 建议测序量

　　2.3样本采集流程，水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔

　　3. 生物信息学分析结果解析

　　3.1测序结果评估，数据统计、OUT 聚类、稀释性曲线（Rarefaction curve），指数分析

　　（Alpha-diversity）、OUT 分类学分析（Taxonomy）

　　3.2群落结构及丰度分析：Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成 分析、样品 OUT 分布 Venn 图、Heatmap 图、PCR 主成分分析

　　3.3分类学和进行关系分析：系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA

　　4  生物信息学数据分析工具

　　4.1序列质量控制（quality control）： fastqc

　　4.2序列组装（Metagenomic assembly tool）： MetaVelvet； Meta-IDBA； Genovo； Bambus 2

　　4.3Short read alignment and mapping to reference genome： Bowtie； BWA； SOAP3； mrsFAST

　　4.4多样性分析（Microbial diversity analysis）： MLST； Axiome； PHACGS

　　4.5功能注释（Functional annotation）： RAMMCAP

　　4.6基因注释（ Gene annotation/gene calling ） ： FragGeneScan； MetaGeneMark； MetaGeneAnnotator

　　4.7聚类（Binning）： TETRA； MetaCluster； Phymm

　　4.8一站式服务器（Automated platforms/servers for comparative and functional analysis）： MG-RAST； MEGAN 4； CAMERA； GALAXY

　　5  宏基因组勘探（Prospecting metagenomes）：

　　5.1Substrate induced gene expression （SIGEX）

　　5.2Metabolite regulated expression （METREX）

　　5.3Product induced gene expression （PIGEX）

　　6  案例分析，大型宏基因组项目

　　6.1Human microbiome

　　6.2 Earth Microbiome

　　二、微生物组学研究趋势与方法

　　1、单菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趋势和方法

　　2、如何利用这些组学研究的内容

　　三、序列组装和功能分析——DNA水平

　　1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。

　　2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞

　　3、基于组装好的序列进行组分（基因、功能元件、非编码RNA等）和功能分析

　　4、微生物分析内容和方法

　　5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究

　　四、微生物基因组

　　1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题

　　2、 微生物群落和宏（元）基因组学

　　2.1 微生物群落的动态平衡

　　2.2 人体微生物群落特征

　　2.3 微生物群落和疾病

　　3、病原菌泛基因组学和进化研究

　　3.1 微生物基因组的特征

　　3.2 基因相互作用网络的结构

　　3.3 生态环境与种群基因组进化

　　4、病原菌转录组和单细胞研究

　　4.1 单细胞研究的必要性和需要注意的问题

　　4.2 病原菌在压力条件下，单细胞的基因表达和调控

　　5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性

　　5.1 致病菌的基因组特征和进化

　　5.2 微生物群落对致病菌的控制作用

　　5.3 环境因素诱导基因表达对致病性的影响

　　五、主讲专家：

　　主讲专家来自中科院等科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物信息领域项目研究，具有资深的技术底蕴和专业背景。

　　六、学以致用：

　　旨在帮助学员准确把握行业动态和发展趋势，了解企业对专业的要求与用人标准，从而能有针对性地设置教学体系，课程安排，将课程体系与企业用人的实际要求紧密结合起来,更能帮助学校寻找实训基地和铺设就业渠道。

　　七、颁发证书：

　　学员经培训考试合格后可以获得：

　　1. 由人力资源与社会保障部中国科学院北京分院国家级专业技术人员继续教育基地颁发专业技术人员高级研修项目证书,该证书可作为专业技术人员考核、职称评聘、岗位聘任、职业注册的重要依据。

　　证书查询网站：http://bjfy.caskj.cn/

　　2.由北京海淀中科计算技术转移中心颁发的《生物信息工程师》培训证书。

　　八、报名办法及费用：

　　每人￥4300元（含报名费、培训费、资料费、证书相关费用），食宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加，报名回执表请传真至会务处。

　　九、联系方式：

　　联系人：张建国       移动电话：131 2696 6869

　　联系电话/传真： 010-58032566  邮箱：zkyjsjs@vip.126.com

　　官方网址：  http://ec.ict-ttc.com