2018山东济南微生物专题数据分析培训班

2018-03-16 09:28来源:医学教育网T大

一、培训特色：

主题明确，针对性强，理论和实践结合，主讲与学员研讨的方式进行

讲师拥有丰富的微生物数据分析和项目执行经验

课下主讲老师为您所遇到的问题提供个性化解答

配合研究中所需的要点，围绕实际研究中常用的软件展开

学员通过与专家直接交流，能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路

二、组织机构

主办单位：中国科学院计算技术研究所烟台分所

承办单位：中科云畅应用技术研究院

主讲专家：中国科学院基因组研究所

三培训内容：

一、微生物组学研究趋势与方法
1、单菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趋势和方法
2、如何利用这些组学研究的内容
二、序列组装和功能分析---DNA水平
1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。
2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞
3、基于组装好的序列进行组分（基因、功能元件、非编码RNA等）和功能分析
4、微生物分析内容和方法
5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究　

三、微生物基因组
1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题
2、微生物群落和宏（元）基因组学
2.1微生物群落的动态平衡
2.2人体微生物群落特征
2.3微生物群落和疾病
3、病原菌泛基因组学和进化研究
3.1微生物基因组的特征
3.2基因相互作用网络的结构
3.3生态环境与种群基因组进化
4、病原菌转录组和单细胞研究
4.1单细胞研究的必要性和需要注意的问题
4.2病原菌在压力条件下，单细胞的基因表达和调控
5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性
5.1致病菌的基因组特征和进化
5.2微生物群落对致病菌的控制作用
5.3环境因素诱导基因表达对致病性的影响　

一、高通量时代的宏基因组学研究
1.应用于宏基因组学研究的NGS平台
1.1Roche/454GSFLXTitanium1.2HiSeq20001.3PacBioRSII
2.实验流程
2.1实验设计
2.1.1Amplicon-based:细菌16SrRNA，古菌16SrRNA，真菌ITS，真菌18S
2.1.2Wholemeta-genomeorwholemeta-transcriptome
2.2建议测序量
2.3样本采集流程，水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔
3.生物信息学分析结果解析
3.1测序结果评估，数据统计、OUT聚类、稀释性曲线（Rarefactioncurve），指数分析（Alpha-diversity）、OUT分类学分析（Taxonomy）
3.2群落结构及丰度分析：Shannonindex曲线、Rank_abundance曲线、样本群落组成分析、样品OUT分布Venn图、Heatmap图、PCR主成分分析
3.3分类学和进行关系分析：系统发生进化树、UniFractionPCoA、UnifracTree、NMDS、RDA/CCA
4生物信息学数据分析工具
4.1序列质量控制（qualitycontrol）:fastqc
4.2序列组装（Metagenomicassemblytool）:MetaVelvet;Meta-IDBA;Genovo;Bambus2
4.3Shortreadalignmentandmappingtoreferencegenome:Bowtie;BWA;SOAP3;mrsFAST
4.4多样性分析（Microbialdiversityanalysis）:MLST;Axiome;PHACGS
4.5功能注释（Functionalannotation）:RAMMCAP
4.6基因注释（Geneannotation/genecalling）:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator
4.7聚类（Binning）:TETRA;MetaCluster;Phymm
4.8一站式服务器（Automatedplatforms/serversforcomparativeandfunctionalanalysis）:MG-RAST;MEGAN4;CAMERA;GALAXY
5宏基因组勘探（Prospectingmetagenomes）:
5.1Substrateinducedgeneexpression（SIGEX）
5.2Metaboliteregulatedexpression（METREX）
5.3Productinducedgeneexpression（PIGEX）
6案例分析，大型宏基因组项目
6.1Humanmicrobiome
6.2EarthMicrobiome　

四、报名费用：

每人￥4300元（含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费），食宿可统一安排，费用自理。

五、报名咨询联系人：陈老师17600011681（同微信）

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24小时咨询电话：010-82311666、4006501888

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