北京协和医学院、中国医学科学院（简称院校）实行院校合一的管理体制，相互依托，优势互补，教研相长。她面向全国，承担着科研、教学、医疗三大任务。

院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培养研究生210余人（无学位）。“文革”期间，研究生教育被迫中断达10年之久。1978年院校恢复研究生招生，是国务院首批批准可授予博士、硕士学位的单位，也是实行单独考试和可面向港澳台招生的院校之一。1982年组成了第一届院校学位评定委员会，并于1982年首次授予硕士学位，1985年首次授予博士学位，揭开了院校研究生教育史上新的一页。1986年7月成立研究生院，统一领导院校的学位与研究生教育工作，1996年10月顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌。

北京协和医学院研究生院现下设综合办公室、招生办公室、培养办公室和学位与学科建设办公室；同时，依托分布在全国6省（市）的29个研究生培养单位（19个所属单位及10个单位）医学教育|网搜集整理，形成了院校——所院两级系统完整的多层次多类型的人才培养体系。目前，普通全日制在校研究生达3100余人。20多年来，协和毕业研究生达13000余人，授予硕士学位5400余人、博士学位4600余人，他们为国家医药卫生、科技和教育事业的发展做出了重要贡献。