细菌性痢疾和阿米巴痢疾都是以腹泻为主要症状的肠道传染病，但两者在病原体、临床表现及实验室检查等方面存在明显差异。
1. 病原体不同 细菌性痢疾是由志贺氏菌属（如福氏志贺菌、宋内志贺菌等）引起的急性肠道感染；阿米巴痢疾则是由溶组织内阿米巴（Entamoeba histolytica）所导致的一种慢性或亚急性的肠道疾病。
2. 临床表现差异 细菌性痢疾发病较急，以发热、腹痛、里急后重及脓血便为主要特征；而阿米巴痢疾起病缓慢，主要表现为腹部隐痛不适、果酱样大便（含有暗红色血液和粘液），且常伴有体重减轻等症状。
3. 实验室检查区别 在粪便常规镜检中，细菌性痢疾病人的样本可发现大量白细胞及红细胞，并可见到吞噬细胞；阿米巴痢疾患者则主要见到成团的红细胞以及少量的白细胞。此外，通过培养技术可以分离出相应的病原菌或寄生虫。
4. 治疗方法有别 细菌性痢疾需要使用敏感抗生素进行治疗；而阿米巴痢疾需采用抗阿米巴药物如甲硝唑等进行治疗。

因此，在临床诊断时应综合考虑患者的流行病学史、症状特点及实验室检查结果，以准确区分这两种疾病并给予针对性的治疗。