神经节细胞缺乏是引起先天性巨结肠（Hirschsprung病）的主要原因。这种疾病是因为在胚胎发育过程中，肠道的神经嵴细胞未能正常迁移或分化为成熟的神经节细胞，导致部分或者全部大肠和小肠末端缺乏神经节细胞。
在正常情况下，肠道内的神经节细胞负责控制肠道平滑肌的蠕动运动，即通过产生有规律的收缩与舒张来推动食物残渣向前移动。当这些区域缺少了必要的神经节细胞时，该段肠管就失去了正常的蠕动功能，变得僵硬且无法有效地推进内容物。结果就是粪便在无神经节细胞区段积聚，导致局部扩张形成巨结肠。
此外，由于病变部位以上的肠道需要更加努力地将内容物推送过障碍区域，这又会进一步加重上游肠道的膨胀和扩张，从而加剧病情的发展。因此，先天性巨结肠患者通常表现为便秘、腹胀等症状，并且在新生儿期就可能表现出排便困难等问题。
