诊断流行性乙型脑炎（简称乙脑）时，常用的辅助检查主要包括以下几个方面：
1. 血常规检查：乙脑患者在急性期可能会出现白细胞计数升高，尤其是中性粒细胞比例增加。这有助于初步判断是否为感染性疾病。
2. 脑脊液检查：通过腰椎穿刺获取脑脊液样本进行分析是诊断乙脑的重要方法之一。典型的改变包括压力增高、外观清亮或微浑、白细胞轻度增多（以淋巴细胞为主）、蛋白质含量稍高而糖和氯化物正常等。
3. 血清学检测：血清特异性IgM抗体阳性是确诊乙脑的关键依据。通常采用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法测定患者恢复期与急性期双份血清中抗乙脑病毒的IgM抗体水平，如果恢复期血清中的滴度比急性期升高4倍以上，则具有诊断意义。
4. 病毒核酸检测：利用RT-PCR技术直接从患者的血液、脑脊液等标本中检测乙脑病毒RNA，可以快速准确地确定病原体，对早期诊断有重要价值。
5. 影像学检查：如CT扫描或MRI成像可显示大脑皮质及基底节区的异常改变，对于排除其他疾病和了解病变范围有一定帮助。但需要注意的是，并非所有乙脑病例都会出现明显的影像学变化。

通过上述多种辅助检查手段结合临床表现综合判断，可以提高乙脑的确诊率。