结核菌主要通过呼吸道进入人体，当患者咳嗽、打喷嚏或说话时，会将含有结核杆菌的微小飞沫释放到空气中。如果其他人吸入了这些带有病原体的飞沫，就有可能被感染。一旦结核菌进入肺部，它们会在肺泡中繁殖，并可能引发免疫反应，导致炎症和组织损伤。
在人体内，结核菌可以通过血液或淋巴系统从初始感染部位（通常是肺）传播到其他器官，如脑、肾、骨等，引起全身性病变。但并不是所有吸入了结核杆菌的人都会发病，这取决于个体的免疫力以及接触病原体的数量和频率。大多数情况下，人体的免疫系统能够控制住初次感染，并将细菌限制在一个或几个区域形成潜伏性感染。只有当免疫力下降时（如HIV感染者、营养不良者等），潜伏性的结核菌才可能重新活跃起来，发展成为活动性肺结核或其他类型的结核病。
