营养不良儿童的主要辅助检查包括以下几个方面：
1. 体格测量：这是评估营养状况最直接的方法，主要包括体重、身高（或身长）、头围等。通过这些数据可以计算出体重指数（BMI），并与同年龄、性别的正常值进行对比，判断是否存在生长迟缓或者消瘦。
2. 血常规检查：可以发现贫血等情况，因为长期的营养不良可能会导致铁缺乏性贫血等问题。
3. 尿常规：观察尿液中是否有蛋白质等异常成分出现，以排除肾脏疾病可能对营养状况的影响。
4. 生化指标检测：如血清白蛋白、前白蛋白、转铁蛋白水平测定。这些指标可以反映体内蛋白质的状态和合成能力，对于判断是否存在蛋白质-能量营养不良具有重要意义。
5. 微量元素测定：比如锌、铜、硒等微量元素的浓度测量，了解是否因缺乏某些重要矿物质而导致健康问题。
6. 维生素水平检测：如维生素A、D等维生素含量测定。这些维生素对儿童生长发育至关重要，不足会影响免疫功能和骨骼健康。
7. 其他特殊检查：根据临床需要可能还会进行骨密度扫描、腹部B超等相关辅助检查，以全面评估营养不良的原因及其影响范围。

以上就是针对营养不良儿童主要的辅助检查项目，在实际操作中医生会结合患儿的具体情况进行选择。