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HAV经口感染后首先在肠道中繁殖，进入血液后经过短暂的病毒血症，持续7-10天，使肝细胞受损。然而在动物或者人体组织中培养HAV时，未见其杀伤肝细胞使其破碎的作用。甲肝的发病机制不清，但是与肝脏免疫作用特别是细胞免疫作用相关。HAV可从肝细胞经胆汁进入肠道排出体外。因此，可从粪便中检出HAV颗粒加以确诊，在潜伏期或黄疸期的传染性最强。
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