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（一）其他病原体感染的肾小球肾炎
多种病原体可引起急性肾炎，如细菌、病毒、原虫等，可从原发感染灶及各自临床特点相区别。
（二）IgA肾病
以血尿为主要症状，表现为反复发作性肉眼血尿，多在上呼吸道感染后24～48小时出现血尿，多无水肿、高血压，血清补体C3正常，明确诊断需肾活检证实。
（三）慢性肾炎急性发作
患儿多数有营养不良、贫血、生长发育滞后，前驱感染期短仅1～2天，肾功能持续异常，尿比重低且固定可与急性肾炎相鉴别。
（四）特发性肾病综合征
2%～5%急性肾炎患儿临床表现为肾病综合征应予以鉴别。若患儿呈急性起病，有明确的链球菌感染证据，血清补体C3降低后可恢复正常，肾活检病理为毛细血管内增生性肾炎者有助于急性肾炎的诊断。
（五）继发性肾炎
还应与过敏紫癜性肾炎、系统性红斑狼疮性肾炎及乙型肝炎病毒相关肾炎等相鉴别。
