加工食品中的微生物污染主要来源于以下几个方面：
1. 原料污染 在食品加工之前，原料可能已经受到了微生物的污染。这可能是由于种植、养殖过程中的环境因素（如土壤、水源）、动植物本身的携带或者是收获后的储存和运输过程中受到的二次污染。
2. 加工环境 不洁的生产环境是导致食品污染的重要原因之一。如果车间内的空气、水、设备表面等存在细菌、霉菌或其他致病微生物，它们很容易转移到产品上。
3. 人员因素 工作人员的手部卫生状况不佳、健康状态不良（如患有传染病）、操作不规范都可能导致直接或间接地将微生物带入食品中。
4. 加工过程 在加工过程中如果温度控制不当、时间不够长或是其他杀菌措施执行不到位，就无法彻底杀灭存在于原料中的微生物。此外，在冷却、包装等环节也可能因为设备清洁度不够而引入新的污染源。
5. 包装材料与方法 使用了受污染的包装材料或是在不干净的环境中进行包装也会造成食品受到微生物侵染。
6. 储藏和运输条件 食品在储藏过程中若温度、湿度控制不当，容易滋生细菌。另外，在运输途中如果防护措施不到位，同样可能遭受外界环境中的微生物污染。

因此，为了确保食品安全，需要从原料采购到最终产品的每一个环节都严格把关，并采取有效的预防控制措施来减少微生物的污染风险。