肽键的形成主要发生在蛋白质合成的过程中，即翻译阶段。这个过程中最关键的酶是核糖体上的两种活性中心，分别是A位点（氨酰基-tRNA受体）和P位点（肽酰基-tRNA受体），但它们并不是传统意义上的“酶”，而是通过结构功能来促进肽键的形成。真正催化肽键形成的是一种被称为肽酰转移酶（Peptidyl transferase）的活性，这种活性是由核糖体大亚基中的rRNA分子提供的。
具体来说，在蛋白质合成过程中：
1. 氨酰-tRNA结合到核糖体上的A位点。
2. 在肽酰转移酶的作用下，位于P位点的肽酰基团与A位点上氨酰-tRNA携带的氨基酸之间发生反应形成新的肽键。
3. 形成肽链后，肽链连同tRNA移动至P位点，而空载的tRNA则从P位点释放出去。
因此，在肽键形成的直接过程中，并没有单一的具体酶参与催化作用，而是由核糖体特别是其大亚基中的rRNA分子所具有的肽酰转移活性来完成这一过程。不过，在整个蛋白质合成的过程中，还有许多其他类型的酶和因子（如氨酰-tRNA合成酶、翻译起始因子等）发挥着重要作用。
